Dans un monde idéal, les systèmes d’information seraient homogènes et intégrés. La réalité est souvent bien différente avec des entreprises qui, la plupart du temps, possèdent 2 voire 3 systèmes de gestion informatisés sans que ces derniers ne communiquent entre eux ni même ne parle le même langage. Ainsi le client est appelé « client » dans le CRM et « acquéreur » dans le système de gestion financière. Il existe donc de grandes disparités quant au niveau de maturité des entreprises dans le domaine des systèmes d’aide à la décision et la construction de ce genre de système se fera proportionnellement au niveau de maturité de l’entreprise.
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La complexité de l’intégration des données dans un datawarehouse n’attrait non pas à la dimension technique, mais à la dimension fonctionnelle. Elle nécessite de disposer de l’ensemble des règles de codification de chaque bases de données afin d’avoir une information homogène. Cette phase peut s’avérer longue et fastidieuse. Autre problématique importante, la gestion des données manquantes ou erronées.
L’intégration est donc une problématique qui dépasse très souvent le seul champ des systèmes d’information, elle mène souvent à se poser des questions d’ordre organisationnel. On dit souvent que la phase d’intégration ou de pré-traitement peut souvent atteindre 60 % de l’effort de construction d’un processus décisionnel.
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